PCR Test

Patrick Quanten

Geschiedenis

Laten we eens van nabij bekijken hoe men de PCR test tot standaardtest gemaakt heeft in de 'identificatie' van een coronavirus in een staaltje afgenomen vanuit de neus van een persoon. Hier is een korte versie van het verhaal, waar ik wat commentaar aan toegevoegd heb, schuin gedrukt.

Dr. Kary Mullis kreeg de Nobelprijs voor chemie in 1993 voor de uitvinding van de Polymerase Chain Reaction (PCR) technologie. Het is een manier om DNA sequenties te kunnen overschrijven in miljoenen en triljoenen kopieën. Het heeft niets te maken met het 'identificeren' van virussen.

In december 1998 schreef John Lauritsen, een marktonderzoeker en analist, in verband met het HIV virus: "PCR wordt gebruikt om de kwaliteit van de substantie te testen maar de manier waarop de test functioneert maakt het niet mogelijk om aantallen te schatten. Alhoewel er een veelvoorkomende misinterpretatie bestaat dat de viral load tests feitelijke aantallen van virussen meten kunnen deze testen onmogelijk vrije, actieve virussen detecteren. Het enige dat ze kunnen detecteren zijn eiwitten waarvan gelooft wordt, in sommige omstandigheden onterecht, dat ze uniek zijn aan HIV. De testen kunnen genetische sequenties van virussen herkennen, maar niet de virussen zelf.”

Begin 2020 heeft de CDC (Centres for Disease Control and Prevention) een eerste laboratorium testkit ontworpen voor het testen van stalen voor SARS-CoV-2. De testkit heet CDC 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time Reverse Transcriptase (RT)-PCR Diagnostic Panel.

Op 3 februari 2020 legt de CDC een EUA pakket voor (Emergency Use Authorisation) om van de FDA (Food and Drug Administration) speciale toestemming te verkrijgen voor het gebruik van de diagnostische test in de Verenigde Staten. De FDA levert die toestemming af de volgende dag, en de CDC verstuurt de testkits naar de verschillende staten en naar lokale openbare gezondheidslaboratoria.

Onder sectie 564 van de Federale Voedsel, Drug en Cosmetische Acte (FD&C Act) mag de FDA Verantwoordelijke toestemming geven om medische producten zonder licentie of om het gebruik van licentie producten in verboden omstandigheden toch toe te staan in een noodgeval. Dit kan zijn om een diagnose te stellen, om te behandelen of om serieuze of levensbedreigende ziekten of condities te voorkomen, die veroorzaakt zijn door CBRN (chemisch – biologisch – radiologisch – nucleair) ongewone situaties waar geen adequate, goedgekeurde en toegankelijke alternatieven voor handen zijn.”

Alvorens laboratoria een nieuwe test gebruiken op patiënten moeten ze de werking van de test controleren (verifiëren dat het werkt zoals het zou moeten werken) en ze gebruiken daarvoor ‘positieve’ en ‘negatieve’ controle materialen. De positieve controle moet altijd positief testen en de negatieve moet altijd negatief testen. Tijdens het uittesten van de CDC SARS-CoV-2 test kwamen sommige laboratoria er achter dat er een probleem was met één van de drie testreagentia, chemische stoffen die nodig zijn om de test te kunnen uitvoeren. Het reagentia veroorzaakte een positief resultaat in een negatief controle experiment, waardoor de laboratoria de noodzakelijke verificatie van de test niet konden afsluiten.

Om dit probleem op te lossen besloten CDC laboratoria dat dit reagentia uit de test kon worden verwijderd zonder dat de efficiëntie van de test daardoor aangetast zou zijn. Het nieuwe concept liet toe om de bestaande testkits te blijven gebruiken zonder het reagentia. De FDA keurde deze modificatie onmiddellijk goed en de nieuwe testkits met de twee noodzakelijke reagentia werd op grote schaal geproduceerd en verdeeld. Het zijn deze testkits die men nu ook nog gebruikt.

Wanneer het bewezen wordt dat de test onbetrouwbaar is dan haal je er gewoon de storende factor uit en je doet alsof alles nog precies hetzelfde werkt zonder dat element! Of, anders uitgedrukt, je manipuleert de procedure totdat je het resultaat krijgt dat je wilt.

De enorme vraag naar reagentia die nodig zijn voor deze test heeft een globaal tekort voor gevolg gehad. Sommige openbare gezondheidslaboratoria konden niet genoeg reagentia bekomen om het volume testen te kunnen uitvoeren, hetgeen tot frustrerende vertragingen leidde. Vandaar dat de CDC laboratoria besloten om alternatieve reagentia te valideren om de test toch verder te kunnen blijven gebruiken:

Vier nieuwe extractie reagentia mogen gebruikt worden in de bestaande methode
Er is een bijkomend extractie instrument met bijhorende reagentia in gebruik
Men kan een ander proces gebruiken in plaats van de bestaande extractiemethode als men geen materalen heeft om de bestaande methode uit te voeren

De FDA keurde deze veranderingen goed op 12 juni 2020 in een amendement toegevoegd aan de EUA van de test zodat openbare gezondheidslaboratoria en anderen deze alternatieven konden gebruiken. Daarenboven keurde de FDA nog een amendement goed op 13 juli 2020 om Promega Maxwell® RSC 48 toe te voegen als een toegestaan extractie instrument dat gebruikt mag worden in het CDC 2019-nCoV rRT-PCR Diagnostic Panel.

Als je niet genoeg ingrediënten hebt om de test uit te voeren op de manier zoals we die uitgetest hebben dan heb je toestemming om zowat alles te veranderen (chemicaliën, instrumenten, toepassingsmethode) en we pretenderen dat het nog steeds dezelfde test is!

Vele mensen begonnen de waarde van de test zoals die gebruikt werd en de context waarin ze gebruikt werd in vraag te stellen. De officiële reacties van overheden waren vaag en ontwijkend maar wanneer er aangedrongen werd dan werd er toegegeven dat de test niet helemaal was wat men het publiek voorhield. In 2020 vertelde een woordvoerder voor de Openbare Gezondheidszorg Engeland aan het persbureau Reuters: “Het is belangrijk om te noteren dat het aantonen van virale materie door PCR niet aangeeft dat het virus compleet aanwezig is en besmettelijk is. Met andere woorden, het toont niet aan of het virus in staat is om een infectie te veroorzaken bij andere mensen.”

Je kan niet zeggen hoeveel virus er in je originele staal aanwezig is en je kan niet zeggen of wat er aanwezig is ook de capaciteit heeft om mensen te besmetten.

Problemen met PCR testen

De PCR test heeft een hoge sensitiviteit. Het is al vergeleken met ‘het vinden van een naald in een hooiberg’. Deze extreme gevoeligheid verhoogt het risico op extreme contaminatie, wat zal leiden tot vals positieve resultaten.

Het resultaat van de diversiteit aan gebruikte technieken betekent dat er geen standaard procedure voor de test bestaat. Verschillende laboratoria volgen verschillende protocollen en kunnen verschillen in hun methoden, hetgeen allemaal bijdraagt tot een brede waaier van uitslagen. Dit probleem wordt dan nog eens erg vergroot door de enorme hoge prijzen die gevraagd worden voor de reagentia en de instrumentatie, en dus zal de industrie, waar dat kan, de binnenwegen opzoeken en gaan besparen.

Ook is het nuttig om te vermelden dat de PCR test die gebruikt wordt om zogezegde COVID-19 patiënten te identificeren via de ‘aanwezigheid’ van wat men SARS-CoV-2 genoemd heeft, geen basisstandaard heeft om de testresultaten mening te geven. Om een test te kunnen valideren moet men de resultaten kunnen koppelen aan een absoluut gegeven. Bijvoorbeeld, een zwangerschapstestresultaat wordt bevestigd door een al dan niet zwangerschap. Dat is de 'zekerheid' waar het testresultaat tegen afgewogen wordt.

Dit is een essentieel punt. Testen moeten geëvalueerd kunnen worden om hun precisie na te gaan – om correct te zijn, hun gevoeligheid en specificiteit – door de resultaten te vergelijken met een basisstandaard, de meest accurate methode voor diagnosestelling die voorhanden is.

Jessica C. Watson van de Universiteit van Bristol bevestigt dit. In haar artikel “Het Interpreteren van COVID-19 Testresultaat”, recent gepubliceerd in de British Medical Journal, schrijft ze dat er “duidelijk een ‘goud-standaard’ voor het testen van COVID-19 ontbreekt”. Ze zou dan de test als ongeschikt kunnen bestempelen in het diagnosticeren van SARS-CoV-2 en COVID-19 of ze zou kunnen wijzen op het feit dat enkel het virus zelf, aangetoond door wetenschappelijke isolatie en zuivering, een betrouwbare goud-standaard kan zijn. Dat doet ze niet, en Watson gaat door en beweert dat “pragmatisch” de COVID-19 diagnose zelf – waarvan de PCR test een integraal deel uit maakt! – de best beschikbare ‘goud-standaard’ zou moeten zijn. Dit staat wetenschappelijk heel erg wankel.

Naast het feit dat het absurd is om de test zelf als deel van de goud-standaard te gebruiken om op die manier de test te evalueren kunnen we ook nog vermelden dat er geen specifieke duidelijk herkenbare symptomen voor COVID-19 bestaan, hetgeen zelfs Thomas Löscher, vroeger hoofd van de Afdeling Infectie en Tropische Geneeskunde aan de Universiteit van München en lid van de Federale Vereniging voor Duitse Internisten, volmondig beaamt. En als er geen echt specifieke symptomen zijn voor de ziekte dan kan de COVID-19 diagnose, tegengesteld tot Watson’s verklaring, nooit in aanmerking komen om te dienen als goud-standaard.

Daarenboven verliezen ‘experten’ zoals Watson graag uit het oog dat enkel de isolatie van het virus, een buiten kijf staand bewijs van de aanwezigheid van het virus, als goud-standaard kan dienst doen.

Dan rest de vraag nog: Wat hebben we eerst nodig voor virus isolatie/bewijs? We moeten te weten komen wat de bron is van het RNA dat de PCR test voedt en drijft, waar het vandaan komt?

Tekstboeken alsook leidinggevende virusonderzoekers zoals Luc Montagnier of Dominic Dwyer zeggen dat het zuivering van een deeltje – m.a.w. het afscheiden van een object van al het omringende dat niet het object is – een conditio sine qua none is in de bewijsvoering van het bestaan van een virus om zo te kunnen aantonen dat het RNA van dat specifieke deeltje ook afkomstig is van het virus. De reden hiervoor is dat PCR heel erg gevoelig is, wat betekent dat zelfs het allerkleinste stukje DNA of RNA erdoor zal opgepikt worden, maar de test kan niet uitmaken waar dat stukje vandaan komt. Dat moet op voorhand al bepaald zijn. En aangezien de PCR test gekalibreerd is op gen sequenties (in dit geval RNA omdat SARS-CoV-2 genoemd wordt als een RNA virus) moeten we op voorhand weten dat de genetische stukjes waar we naar kijken deel uitgemaakt hebben van het gehele virus. En om dat te weten moeten we in staat zijn om een correcte isolatie en zuivering van het veronderstelde virus te kunnen uitvoeren.

Geen enkele van de studies op het vlak van het bestaan van SARS-CoV-2 heeft kunnen bevestigen dat de virussen waar men op gewerkt heeft ook zuiver waren. De meeste gaven zelfs grif toe dat het virus niet geïsoleerd en gezuiverd werd.

Conclusies

PCR test identificeert geen virussen
PCR test heeft geen geijkte standaard en de resultaten kunnen dan ook niet vergeleken worden
De oorsprong van het waargenomen genetische materiaal kan niet achterhaald worden

Juli 2020